Anno MDCCCX

Bernardinų kapinės, esančios Užupyje, ant aukšto šlaito tarp Vilnios upės ir Polocko gatvės, 1810 buvo įsteigtos Šv. Martyno vokiečių Romos katalikų kongregacijos prašymu, kaip naujosios Bernardinų bažnyčios parapinės kapinės. Anuomet tai buvo vieta už miesto ribos, o kapinių plotas siekė tik pustrečio hektaro. Tais pačiai metais buvo pastatytas vakarinis kolumbariumas, o kapinių centre pastatyta mūrinė klasicistinė įsteigimo koplytėlė su paminkline lenta ir medine Nukryžiuotojo skulptūra. 1812 kapines apjuosė mūrinė tvora, o 1820 atsirado klasicistinio stiliaus vartai, apjungti su varpine su trimis varpais. 1823 iškilo rytinis kolumbariumas, o 1827 buvo baigta statyti pagrindinė kapinių koplyčia ir pradėta laidoti jos požeminėse kriptose. Po 1832, sumažėjus vokiečių kongregacijos narių, kapinėse leista laidoti visus Bernardinų parapijos žmones. Po kiek laiko iškilo būtinybė kapines plėsti, todėl 1860 Bernardinų bažnyčios klebono prašymu Vilniaus valdyba išskyrė kapinėms kiek daugiau nei vieną hektarą papildomo ploto. XIXa. antroje pusėje Vilnios potvyniai darė kapinėms pastebimą žalą.

Didelę dalį Bernardinų kapinėse palaidotų visuomenės veikėjų sudaro lietuvių ir lenkų mokslo, kultūros ir meno žmonės: profesoriai, rašytojai, ypač daug dailininkų. Čia palaidota žymiojo lenkų politikos veikėjo Juzefo Pilsudskio sesuo Zofija Kadenacova. Ant paties šlaito yra 1863 sukilimo dalyvio Ignoto Zdanavičiaus, 1864 pakarto Lukiškių aikštėje, kapas. Ateistiniu sovietmečio laikotarpiu Bernardinių kapines nuo sunaikinimo išgelbėjo faktas, jog jose palaidota vieno žymiausių istorijoje budelio, bolševikų revoliucionieriaus Felikso Dzeržinskio (Geležinio Felikso) motina Elena Januškevič Dzeržinskaja (1849-1896). Pamaldi ir išsilavinusi profesoriaus dukra, savo sūnaus revoliucinę veiklą laikiusi dideliu klystkeliu, mirė nuo sunkios likos Varšuvoje. Buvo palaidota Vilniuje vyresnės Felikso sesers Aldonos lėšomis. Ant paminklo lenkų kalba uzrašyta: “Ramybė pačios geriausios iš motinų sielai”. Pats Feliksas motinos laidotuvėse nedalyvavo.

Deja po Antrojo pasaulinio karo kapinių kolumbariumai buvo nugriauti ir išliko tik jų mūro fragmentai. Kolumbariumuose buvę palaikai buvo iškelti ir perlaidoti šalia koplyčios. 1969 Bernardinų kapinės buvo paskelbtos respublikinės reikšmės istoriniu objektu, o 2005 kompleksas buvo įtrauktas į nacionalinį kultūros vertybių registrą. Šiose kapinėse nebelaidojama nuo 1967, išskyrus išimtinius atvejus šeimos kapavietėse.